Pokémon è stato creato dal game designer giapponese Satoshi Tajiri, fondatore dello studio Game Freak. Game Freak non nacque come uno studio di videogiochi, ma come una fanzine che Tajiri scriveva e illustrava con i suoi amici, tra cui l'illustratore Ken Sugimori.

Tajiri crebbe alla periferia di Tokyo, trascorrendo l'infanzia nella natura – correndo per i campi, catturando insetti e osservandoli. Quando il suo quartiere iniziò a urbanizzarsi, cercò un modo per preservare quella sensazione di "collezionismo" in un altro mondo.

Intorno al 1990 apparve la console portatile Game Boy. Tajiri fu particolarmente affascinato dal cavo link che collegava due console. Immaginò degli "insetti che strisciavano" attraverso il cavo – i giocatori potevano scambiare creature. Da questa visione nacque il concetto di Pocket Monsters, poi abbreviato in Pokémon.

Quando Tajiri presentò l'idea dei Pokémon a Nintendo, i dirigenti inizialmente non la capirono, ma la leggenda Shigeru Miyamoto (creatore di Mario e Zelda) ne vide il potenziale e sostenne il progetto. Lo sviluppo durò circa sei anni, quasi portando Game Freak alla bancarotta.

Il risultato furono Pokémon Rosso e Verde per Game Boy, pubblicati in Giappone il 27 febbraio 1996.

Il successo dei primi giochi innescò una valanga. Presto arrivarono i manga, il Pokémon Trading Card Game (TCG) pubblicato in Giappone nel 1996, e la serie anime con première nel 1997, che presentò al mondo Ash Ketchum e Pikachu.

Furono l'anime e il TCG a rendere Pokémon molto più di un semplice videogioco.

Per gestire un IP così ampio, nel 1998 è stata fondata The Pokémon Company, di proprietà congiunta di Nintendo, Game Freak e Creatures Inc. La sua missione: gestire il marchio Pokémon – licenze, marketing, TCG, anime, film, merchandise. Pokémon è così diventato definitivamente un franchise mediatico complesso.