Pokémon a été créé par le game designer japonais Satoshi Tajiri, fondateur du studio Game Freak. Game Freak n'a pas commencé comme un studio de jeux, mais comme un fanzine de jeux vidéo que Tajiri écrivait et illustrait avec ses amis, dont l'illustrateur Ken Sugimori.

Tajiri a grandi en banlieue de Tokyo, passant son enfance dans la nature – courant dans les champs, attrapant des insectes et les observant. Quand son quartier a commencé à s'urbaniser, il a cherché un moyen de préserver ce sentiment de « collection » dans un autre monde.

Vers 1990, la console portable Game Boy est apparue. Tajiri était fasciné par le câble link reliant deux consoles. Il imaginait des « insectes rampant » à travers le câble – les joueurs pourraient échanger des créatures. De cette vision est né le concept de Pocket Monsters, plus tard abrégé en Pokémon.

Quand Tajiri a présenté son idée à Nintendo, les dirigeants ne l'ont pas vraiment comprise, mais la légende Shigeru Miyamoto (créateur de Mario et Zelda) y a vu du potentiel et a soutenu le projet. Le développement a duré environ six ans, menant Game Freak au bord de la faillite.

Le résultat : Pokémon Rouge et Vert pour Game Boy, sorti au Japon le 27 février 1996.

Le succès des premiers jeux a déclenché une avalanche. Sont rapidement arrivés les manga, le Pokémon Trading Card Game (TCG) sorti au Japon en 1996, et la série anime débutée en 1997, présentant au monde Sacha et Pikachu.

Ce sont l'anime et le TCG qui ont fait de Pokémon bien plus qu'un simple jeu vidéo.

Pour gérer une IP aussi vaste, The Pokémon Company a été fondée en 1998, co-détenue par Nintendo, Game Freak et Creatures Inc. Sa mission : gérer la marque Pokémon – licences, marketing, TCG, anime, films, produits dérivés. Pokémon est ainsi devenu une franchise médiatique complexe.