Tvůrcem Pokémonů je japonský herní designér Satoshi Tajiri, zakladatel studia Game Freak. Game Freak přitom nezačal jako herní studio, ale jako fanzin o videohrách, který Tajiri psal a ilustroval se svými kamarády, mimo jiné s ilustrátorem Kenem Sugimorim.

Tajiri vyrůstal na okraji Tokia, kde trávil dětství v přírodě – běhal po polích, sbíral brouky a pozoroval je. Když se jeho čtvrť začala měnit a ze zeleně se stávalo město, začal hledat způsob, jak tenhle „sběratelský" pocit zachovat v jiném světě.

Kolem roku 1990 se objevila přenosná konzole Game Boy. Tajiriho zaujal především link kabel, který umožňoval propojit dvě konzole mezi sebou. Představil si, jak přes kabel „lezou brouci" – hráči by si mezi sebou mohli vyměňovat a „přenášet" stvoření z jedné hry do druhé. Z této představy se postupně zrodil koncept Pocket Monsters, později zkrácený na Pokémon.

Když Tajiri představil nápad na Pokémony společnosti Nintendo, manažeři ho zpočátku moc nechápali, ale legenda Shigeru Miyamoto (tvůrce Maria nebo Zeldy) v něm uviděl potenciál a projekt podpořil. Vývoj prvních her trval přibližně šest let a studio Game Freak se během něj téměř finančně vyčerpalo.

Výsledkem byly hry Pokémon Red a Green pro Game Boy, které vyšly v Japonsku 27. února 1996.

Úspěch prvních her odstartoval lavinu. Brzy po nich přišly manga, Pokémon Trading Card Game (TCG) vydaná v Japonsku v roce 1996 a anime seriál s premiérou v roce 1997, který světu představil Ashe Ketchuma a Pikachu.

Právě anime a TCG udělaly z Pokémonů něco mnohem většího než videohru. Děti, které třeba ani neměly herní konzoli, se se značkou setkaly přes televizi nebo kartičky ve škole.

Aby se dalo tak široké IP řídit, vznikla v roce 1998 společnost The Pokémon Company, kterou společně vlastní Nintendo, Game Freak a Creatures Inc. Jejím úkolem je spravovat značku Pokémon – licencování, marketing, TCG, anime, filmy, merchandise. Tím se Pokémoni definitivně posunuli do role komplexní mediální franšízy.